Tecnologia de PCR Digital em Gotas, ddPCR, dribla complexidade natural desse tipo de amostra e desponta como ferramenta poderosa para análises moleculares
A pandemia ocasionada pelo novo coronavírus impactou invariavelmente toda a humanidade, em maior ou menor grau. No Brasil, o total de casos acumulados desde o início da pandemia ultrapassa 32 milhões e o número de mortes chega a mais de 660 mil, segundo dados divulgados pela OMS em julho de 2022.
Dentre as diversas medidas de prevenção e controle tomadas em diferentes esferas, duas delas ganharam destaque: o monitoramento do avanço da doença e a busca por vacinas eficazes.
Em diferentes locais do mundo, pesquisadores se dedicaram a entender como o rastreamento de SARS-CoV-2 em águas residuais poderia contribuir com dados epidemiológicos e de saúde pública, sendo uma indicação primária de COVID-19 espalhada pela comunidade local.
Essa estratégia de vigilância vem sendo aplicada no Brasil através da Rede Covid Esgotos, que surgiu para ampliar o monitoramento da ocorrência do SARS-CoV-2 no esgoto gerado em diferentes regiões do país. Dentre os dados coletados, pode-se observar, por exemplo, um aumento na concentração do vírus no esgoto da região de Curitiba nas semanas seguintes aos feriados prolongados de 15 e 21 de abril de 2022, quando normalmente ocorre maior circulação de pessoas.
Uma revisão publicada por Payal Mazumder e colaboradores indicou que 39-65% de pacientes positivos para COVID-19 e assintomáticos expelem o vírus pelas fezes, enquanto 6% dos infectados eliminam através da urina.
Os autores argumentam que a Epidemiologia baseada em águas residuais (WBE, do inglês, Water-Based Epidemiology) se provou rápida e efetiva no monitoramento de diversos vírus nocivos, como Pólio, Norovirus, dengue e, recentemente, o SARS-CoV-2. Contudo, esta análise de efluentes traz consigo alguns desafios: o primeiro deles é o volume de amostra necessário, geralmente em torno de litros de água, o que resulta em um desafio para o isolamento de RNA e por si só já gera uma amostra pobre. Somado a isso, há a baixa concentração deste material genético, já que ocorre competição com muitos outros (humanos, virais, bacterianos, etc). Além de tudo, a matriz contém inúmeros interferentes e inibidores de PCR, por isso, alguns métodos mais sensíveis e robustos vem sendo considerados para esse tipo de análise.
Métodos moleculares como a RT-qPCR e a ddPCR são utilizados em pesquisas dessa área e demonstraram desempenho eficiente nos testes. A ddPCR, por características intrínsecas da sua natureza, como o particionamento da amostra em milhares de reações de amplificação individuais, permite análises eficazes de sequências raras e provenientes de matrizes com altas taxas de interferentes. Por este motivo, Payal e colaboradores colocam a ddPCR como uma solução consideravelmente poderosa no gerenciamento de inibidores de PCR em comparação a ensaios de RT-qPCR, assim como destacam seu potencial para detecção de baixas cargas virais.
A revisão contribuiu com a necessidade de expandir a base de evidências científicas diante de uma situação que ainda é volátil e trouxe um comparativo de diferentes métodos empregados para identificação de SARS-CoV-2 em esgoto. Para entender mais detalhes de como os testes foram conduzidos e as principais variações entre as tecnologias, acesse o estudo na íntegra aqui.
Referências:
Mazumder P, Dash S, Honda R, Sonne C, Kumar M, Sewage surveillance for SARS-CoV-2: molecular detection, quantification and normalization factors, Current Opinion in Environmental Science & Health, https://doi.org/10.1016/j.coesh.2022.100363
WHO Coronavirus (COVID-19) Dashboard – Disponível em: https://covid19.who.int/region/amro/country/br
BOLETIM DE APRESENTAÇÃO – Rede monitoramento Covid em Esgotos. Disponível em: https://www.gov.br/ana/pt-br/assuntos/acontece-na-ana/monitoramento-covid-esgotos/boletins-monitoramento-covid-esgotos/boletim-de-apresentacao_rede-monitoramento-covid-esgotos.pdf
Boletim de acompanhamento nº 14 – Rede monitoramento COVID esgotos – Disponível em: https://www.gov.br/ana/pt-br/assuntos/acontece-na-ana/monitoramento-covid-esgotos/boletins-monitoramento-covid-esgotos/boletim-de-acompanhamento-no14_rede-monitoramento-covid-esgotos.pdf
